En 1997, la Compañía inició sus operaciones como Empresa Petrolera Andina S.A., constituyéndose en una de las más importantes del sector de hidrocarburos por la magnitud de sus inversiones y actividades, además de pasar a ser uno de los principales contribuyentes al Estado Boliviano.

Tras el proceso de adecuación de la Compañía al nuevo escenario legal y operativo vigente en el sector petrolero, en noviembre de 2008 se dio lugar a la conformación de YPFB Andina S.A. bajo un modelo de cogestión público-privada donde YPFB es titular del 50,18% de la participación accionaria y la española Repsol Bolivia S.A. del restante 48,92%, además de muchos otros.

Al presente, la Compañía se ha consolidado como el principal productor de gas, registrando una participación promedio mayor al 40% sobre la producción total. Así también es el principal productor de crudo, condensado y gasolina del país, con una participación promedio mayor al 32% de la producción nacional.

Tiene suscritos 21 Contratos de Operación, en 18 de ellos es operador y en tres participa como socio estratégico. En San Alberto y San Antonio es socio mayoritario con el 50% en cada uno de los mega campos junto a Petrobras (35%) y Total E&P Bolivie (15%). El tercer campo No Operado es Monteagudo donde tiene una participación del 20%. Es también socio principal de Transierra que opera el GASYRG (Gasoducto Yacuiba-Río Grande) junto a Petrobras (44.5%) y Total E&P Bolivie (11%).

Asimismo, además de los proyectos de desarrollo, exploración y transporte, YPFB Andina S.A. produce el 25% del consumo nacional de GLP (Gas Licuado de Petróleo) en el país desde la Planta de Absorción de Río Grande.

Por otro lado, a través de la Planta de Compresión de Río Grande, ubicada en la cabecera del gasoducto de exportación, comprime la totalidad del gas que se exporta a Brasil bajo el contrato denominado GSA. YPFB Andina S.A. posee en este emprendimiento una participación del 50% junto a Petrobras (21%), YPFB Chaco S.A. (20%) y Total E&P Bolivie (9%).